Kamanų rezervate pagal bendrąją gamtos tyrimų programą saugomose teritorijose vykdomos šios monitoringo užduotys:
1. Abiotinės aplinkos monitoringas:
· meteorologiniai stebėjimai (maksimali ir minimali paros temperatūra bei kritulių kiekis);
· pelkės hidrologiniai tyrimai (dirvožemio gruntinio vandens lygio nustatymas 9 hidrologinių šulinukų linijose).
2. Fenologinių reiškinių monitoringas.
3. Augalijos monitoringas:
- retųjų ir nykstančių augalų populiacijų tyrimai, vykdomi nuo 1993 metų;
- retųjų, nykstančių ir invazinių augalų rūšių monitoringas, vykdomas nuo 2001 metų. Kamanų rezervate atliekami dėmėtosios gegūnės ir plačialapės klumpaitės stebėjimai.;
- augalijos kaitos monitoringas, vykdomas nuo 1993 metų miškuose, pelkėse ir pievose.
4.Gyvūnijos monitoringas:
- žvėrių apskaita, vykdoma žiemą visoje rezervato teritorijoje (pagal pėdsakus);
- vilkų apskaita, vykdoma nuo 2006 metų Generalinės miškų urėdijos nurodymu;
· absoliuti paukščių apskaita, vykdoma visoje rezervato teritorijoje paukščių perėjimo, migracijos ir žiemojimo metu;
· vandens paukščių monitoringas, vykdomas Kamanų ežere (nuo 1999 metų) ir Salų bei Nimfėjų ežerėliuose (nuo 2006 metų);
· pelkių paukščių monitoringas, vykdomas nuo 2000 metų Šiaurinėje ir Didžiojoje klampynėse;
· uoksinių paukščių monitoringas, vykdomas nuo 1991 metų. Stebima 100 inkilų nustatant perinčių uoksinių paukščių rūšinę sudėtį bei gausumą, dėties dydį, išsiritusių jauniklių skaičių bei išskridusių jauniklių skaičių;
· europinės svarbos paukščių rūšių apskaitos, vykdomos nuo 2005 metų.
5. Aukštapelkių monitoringas, vykdomas nuo 2001 metų Botanikos instituto.
6. Monitoringas numatomose gamtotvarkos priemonių vykdymo vietose:
· ekosistemų būklės monitoringas, vykdomas nuo 2001 metų 2 stacionaruose: aukštapelkės plynėje ir nusausintame viksviniame beržyne. Fiksuojami tiek abiotiniai (vandens lygio dinamika), tiek biotiniai rodikliai (augalijos bendrijų aprašymai, jų kaita);
· augalijos monitoringas po medelių iškirtimo aukštapelkės plynėje, vykdomas nuo 2002 metų;
· laužaviečių monitoringas aukštapelkės plynėje, vykdomas nuo 2004 metų;
· fitocenologinis monitoringas šienaujamose pievose, vykdomas nuo 2005 metų;
· fitocenologinis ir hidrologinis monitoringas kanalų užtvankų poveikiui stebėti, vykdomas nuo 2005 metų.
7. Kraštovaizdžio monitoringas – fotomonitoringas, vykdomas nuo 2005 metų.
