Kamanų rezervate pagal bendrąją gamtos tyrimų programą saugomose teritorijose vykdomos šios monitoringo užduotys:

1.Abiotinės aplinkos monitoringas:

·   meteorologiniai stebėjimai (maksimali ir minimali paros temperatūra bei kritulių kiekis);

·   pelkės hidrologiniai tyrimai (dirvožemio gruntinio vandens lygio nustatymas 9 hidrologinių šulinukų linijose).

2.Augalijos monitoringas:

·   retųjų ir nykstančių augalų populiacijų tyrimai, vykdomi nuo 1993 metų;

·   retųjų, nykstančių ir invazinių augalų rūšių monitoringas, vykdomas nuo 2001 metų. Kamanų rezervate atliekami dėmėtosios gegūnės ir plačialapės klumpaitės stebėjimai.;

·   augalijos kaitos monitoringas, vykdomas nuo 1993 metų miškuose, pelkėse ir pievose.

3.Gyvūnijos monitoringas:

·   žvėrių apskaita, vykdoma žiemą visoje rezervato teritorijoje (pagal pėdsakus);

·   vilkų apskaita, vykdoma nuo 2006 metų Generalinės miškų urėdijos nurodymu;

·   absoliuti paukščių apskaita, vykdoma visoje rezervato teritorijoje paukščių perėjimo, migracijos ir žiemojimo metu;

·   vandens paukščių monitoringas, vykdomas Kamanų ežere (nuo 1999 metų) ir Salų bei Nimfėjų ežerėliuose (nuo 2006 metų);

·   pelkių paukščių monitoringas, vykdomas nuo 2000 metų Šiaurinėje ir Didžiojoje klampynėse;

·   uoksinių paukščių monitoringas, vykdomas nuo 1991 metų. Stebima 100 inkilų nustatant perinčių uoksinių paukščių rūšinę sudėtį bei gausumą, dėties dydį, išsiritusių jauniklių skaičių bei išskridusių jauniklių skaičių;

·   europinės svarbos paukščių rūšių apskaitos, vykdomos nuo 2005 metų.

4.Aukštapelkių monitoringas, vykdomas nuo 2001 metų Botanikos instituto.

5.Monitoringas numatomose gamtotvarkos priemonių vykdymo vietose:

·   ekosistemų būklės monitoringas, vykdomas nuo 2001 metų 2 stacionaruose: aukštapelkės plynėje ir nusausintame viksviniame beržyne. Fiksuojami tiek abiotiniai (vandens lygio dinamika), tiek biotiniai rodikliai (augalijos bendrijų aprašymai, jų kaita);

·   augalijos monitoringas po medelių iškirtimo aukštapelkės plynėje, vykdomas nuo 2002 metų;

·   laužaviečių monitoringas aukštapelkės plynėje, vykdomas nuo 2004 metų;

·   fitocenologinis monitoringas šienaujamose pievose, vykdomas nuo 2005 metų;

·   fitocenologinis ir hidrologinis monitoringas kanalų užtvankų poveikiui stebėti, vykdomas nuo 2005 metų.

6. Kraštovaizdžio monitoringas – fotomonitoringas, vykdomas nuo 2005 metų.