XX a. antroje pusėje Kamanų pelkė buvo stipriai paveikta žmogaus ūkinės veiklos. Kamanų pelkynas pradėtas sausinti dar XIX a. Ypač šie darbai suintensyvėjo XX a. šeštajame dešimtmetyje, kai buvo atnaujintas senasis kanalų tinklas ir iškasta daug naujų. Gretimose teritorijose sparčiai vystėsi statybinių medžiagų ir naftos perdirbimo pramonė, labai padidėjo oro užterštumas. Į aukštapelkę su krituliais patekdavo vis daugiau cheminių junginių. 1986 – 1987 m. tyrimų duomenimis, kritulių (sniego) bendroji mineralizacija Kamanų aukštapelkėje siekė net 230-240 mg/l (foninė reikšmė 10-20 mg/l). Dėl gruntinio vandens lygio pažemėjimo ir padidėjusios aukštapelkės mineralinės mitybos prasidėjo pelkės eutrofikacijos procesai. Tai spartina augalinės dangos sukcesiją. Mažėjant pelkės klampynių kompleksams, nyksta juose nuo seno susiformavusios, mažus plotus užimančios vertingos augalų bendrijos. Nebeaptinkama kai kurių saugomų augalų rūšių arba žymiai sumažėjęs individų skaičius - karališkoji glindė, mažalapė saulašarė, liekninė ir raistinė viksvos, gražusis kiminas. Pelkės klampynėse įrengtose augalijos kaitos monitoringo aikštelėse konstatuoti šie pagrindiniai pokyčiai: stipriai ūgtelėjo aikštelėse esančios pušelės ir pagausėjo jų daigų, atsirado pelkei nebūdingų sumedėjusių augalų daigų ten, kur jų seniau nebuvo, sumažėjo atviro vandens plotų. Aukštapelkėje sparčiai plinta gailių ir viržių bendrijos, didėja jaunų pušų prieaugis, pelkės pakraščiai užauga mišku, sparčiai plinta beržai. Tarpinio tipo pelkinėse buveinėse vyksta augavietės sausėjimo ir rūgštėjimo procesai, dėl to šiose buveinėse mažėja rūšinė įvairovė, retai aptinkamos, vertingos buveinės degraduoja. Kasmet mišku užauga apie 13 ha pelkės. Šie procesai ypač greitai vyksta vietovėse su pažeistu hidrologiniu režimu ar kitaip sutrikdyta gamtine pusiausvyra.

Pievose susiformavo stabilios retų drugių rūšių (didysis auksinukas, baltamargė ir auksuotoji šaškytės) populiacijos. Šienaujamose pievose nežymiai pagausėjo retų gegužraibinių augalų, pievinių gencijonėlių. Racionalus tvarkymo priemonių taikymas sudarytų sąlygas sustabdyti vertingų gamtinių buveinių degradaciją ir išsaugoti biologinę įvairovę.

Siekiant atstatyti aukštapelkės hidrologinį režimą, 1998 – 2003 metais pelkę sausinantys kanalai daugelyje vietų buvo patvenkti. Palaipsniui pradėjo stabilizuotis hidrologinis režimas. Nors 2005-ieji metai buvo itin sausringi (417 mm kritulių per metus), 49,5% matavimo taškų dirvožeminio – gruntinio vandens lygis yra stabilus arba kyla, o 2004 m., kritulių iškritus 555,9 mm, ši tendencija stebėta 72,7% matavimo vietų.