Visa Kamanų rezervato teritorija kartu su buferine apsaugos zona yra Europai svarbi saugoma teritorija pagal Paukščių direktyvą, rezervato teritorija – pagal Buveinių direktyvą.

Svarbios Europai buveinės: natūralūs distrofiniai ežerai, aktyvi aukštapelkė, tarpinės pelkės ir liūnai, vakarų taiga, plačialapių ir mišrūs miškai, žolių turtingi eglynai, pelkėti lapuočių miškai, pelkiniai miškai, aliuviniai miškai.

Buveinių direktyvos rūšys: baltamargė šaškytė (Hypodryas maturna), skiauterėtasis tritonas (Triturus cristatus), plačialapė klumpaitė (Cypripedium calceolus), žvilgančioji riestūnė (Hamatocaulis vernicosus).

Svarbios Europai laukinių paukščių rūšys rezervate ir apsaugos zonoje: dirvinis sėjikas (Pluvialis apricaria), tetervinas (Tetrao tetrix), pievinė lingė (Circus pygargus), griežlė (Crex crex) bei tikutis (Tringa glareola).

Rastos į Lietuvos raudonąją knygą įrašytos augalų – 45 rūšys, grybų ir kerpių – 8 rūšys, žinduolių –  11 rūšys, paukščių – 46 rūšių, varliagyvių –  1 rūšis, bestuburių –  18 rūšių.