Augalija
Pagal botaninį-geografinį rajonavimą Kamanų pelkė priskiriama šiaurrytiniam Žemaičių ir Žiemgalės lygumos rajonui. Šio rajono miškams būdinga augalija – kiškiakopūstiniai eglynai su nemoralinėmis žolėmis, pievos su melsvuoju mėlitu, upių slėnių bendrijos su plačialapiu begaliu ir pieviniu plaurečiu; taip pat – baltijiniai-kalniniai reliktai (melsvasis mėlitas, raktažolė pelenėlė). Į jį patenkantis Kamanų rezervatas reprezentuoja tipingą šio regiono florą, čia nerandama endeminių, tik šiai teritorijai būdingų rūšių. Išskirtinės botaninės vertybės yra riboto paplitimo augalai, aptinkami tik šiaurės ar šiaurės vakarų Lietuvoje (burbulis, kupstinė kūlingė, įvairialapė usnis, avietė tekšė), viena iš dviejų gyvybingų mažalapės saulašarės populiacijų Lietuvoje.
Po Lietuvos žemės ūkio akademijos mokslininkų atliktų pirmųjų platesnių tyrimų (1935–36 m.) buvo aprašyta 350 augalų rūšių įskaitant samanas ir kerpsamanes. Dabar jų skaičius siekia 975 rūšis. Geriausiai ištirti yra induočiai augalai bei samanos, naujų duomenų trūksta apie dumblius. Grybai sudaro atskirą organizmų grupę, plačiau tyrinėti buvo tik XXI amžiuje. Šiuo metu žinomos 175 kerpių ir 244 grybų rūšys.
Apie pusę rezervato ploto sudaro įvairių tipų pelkės ir pelkiniai miškai su būdinga augalija. Centrinėje dalyje plyti magelaninio kiminyno, kimininio saidryno, svyruoklinio viksvyno augalų bendrijos su tipinėmis rūšimis. Prie Liepų salos nedidelį plotą užima švylinis kūlingynas, įrašytas į Lietuvos augalų bendrijų raudonąją knygą. Po atliktų tvarkymo darbų 2007 ir 2011 m. jo būklė pastebimai pagerėjo, kupstinių kūlingių projekcinis padengimas tyrimų vietose išaugo trečdaliu, kai kur – dvigubai. Distrofiniuose ežeriukuose konstatuotos 4 augalų bendrijos. Tarpinio tipo pelkėse vyrauja laibųjų viksvynų bendrijos, šlapesniuose biotopuose jas keičia snapuotieji viksvynai. Vietose, kur „susitinka“ skirtingų tipų pelkės, nemažus plotus užima ekotoninės buveinės. Tarpinio tipo pelkėse tai yra aukštapelkinių kimsų ir mezotrofinių duburių mozaika. Aukštapelkės pakraščių (šlaito) augalija priskiriama gailinių ir vaivorinių pušynų bendrijoms. Greta pelkėse įprastų krūmokšnių rūšių čia auga avietės tekšės, pasitaiko durpyninių bereinių. Literatūroje mimini žemapelkių plotai Kamanų rezervate dėl buveinių kaitos ir hidrologinio režimo pokyčių yra labai pakitę, užaugę jaunais beržais ar šaltekšniais.
Kamanų pelkę supa įvairaus amžiaus ir sudėties miškai. Apypelkio juostose, dažnai ant sudurpėjusio dirvožemio, paplitę šlapieji juodalksnynai. Medžiai ir žolės čia dažniausiai auga ant kauburių, kurie, nepaisant menko ploto, pasižymi nemaža samanų ir drėgmę mėgstančių žolių įvairove. Rezervato pakraščiuose, kur mineraliniai dirvožemiai ribojasi su pelkiniais, aptinkami kimininių eglynų plotai su būdingomis rūšimis. Pagal plotą didžiausi ant mineralinių dirvožemių augantys kiškiakopūstiniai eglynai. Samanų ardas čia menkas, gerai išreikšti krūmų ir žolių aukštai. Plačialapių ir mišrūs miškai Kamanų rezervate užima nedidelį plotą, juos formuoja įvairių rūšių medžiai, dažniausiai uosiai ir drebulės. Medynai būna reti, šviesūs, todėl krūmų ir žolių ardas labai išreikštas ir įvairus.
Pievų lopinėliai išlikę buvusiose sodybvietėse. Pagal rūšių sudėtį jie priskiriami kietavarpynų sąjungos bendrijoms.
